Я детали реализации IDLE не знаю, но это связано с тем, что sys.exit завершает процесс.
В консоли вы запускаете новый python-процесс, в IDLE скорее всего не так, поэтому sys не корректно... Читать далее
Я начинающий, поэтому использую IDLE. В целом мне удобно, единственно, что действительно неудобно, так это не работающие CTRL+C и CTRL+V, а в остальном вполне удобно.