Обычно в термос/ термокружку кофе в кофейнях без проблем наливают. Всегда сталкивался только с положительным отношением к этому, желание клиента - закон. Без разницы же куда наливать, сэкономят стаканчик и крышечку так. Многие даже агитируют такой экологичный подход и всячески поощряют, например, бонусами на следующий кофе.