Бывает несколько вариантов. Например, когда в системе хранится сама картинка отпечатка пальца, и дальше уже с помощью математических алгоритмов сравнивается одна картинка с другой.
Бывают системы, когда картинка не хранится, а сначала происходит процесс сканирования, который получает изображение, в котором сканер вычленяет характерные точки изменения узора отпечатка пальца, и этих точек должно быть, условно, тридцать или пятьдесят — чем больше, тем лучше. Дальше эти точки переводятся в цифровой формат, нули и единицы, и дальше шифруется по алгоритму, известному, как правило, только производителю системы. То есть, даже если в какой-то момент злоумышленник получит файл с описанием этих характерных точек, он не сможет воссоздать картинку отпечатка пальца. Вероятность того, что у него это получится, не нулевая, но близка к этому. В таких системах информация об отпечатке хранится именно в зашифрованном цифровом формате.
Возможно, что в телефонах хранится все-таки не картинка, это не так уж и сложно сделать. Так что я лично надеюсь, что там не картинка.