С одной стороны было замалчивание масштабов со стороны иерархов - откупались от семей жертв или давили на них своими связями и авторитетом, а в Ватикан поступали крохи информации;
с другой стороны, было нежелание Папы Иоанна Павла II "выносить сор из избы" и ронять имидж Церкви - проще наказать конкретного священника (или поверить сообщению о наказании) и не дать хода расследованиям кардинала Ратцингера, желавшего едва ли не калёным железом выжечь скверну (в его понтификат церковные законы и суды стали много строже), чем действительно решать эту проблему, и с Папой в этом были солидарны многие иерархи, кто из лизоблюдства, кто из иных побуждений;
кроме того, неоднократно всплывали факты оговора священника или епископа (или даже кардинала - так, примас Австрии кардинал Гроэр был отправлен на покой из-за заговора викарных епископов, метивших на его место, бездоказательно обвинявших его в совращении семинаристов лет 40 тому) ради денег или из мести;
ну и кадровый вопрос - куда девать "проштрафившихся" и кого ставить им на смену?, ведь оголять приходы нельзя, и платить своим священникам зарплату нужно обязательно - в этой ситуации епископам было проще перевести мерзавца в другой приход, выкинуть из головы эту проблему ("ай, и так сойдёт, само собой решится") и заняться более приятными и увлекательными делами.
Церковь - мощная корпорация и всегда долго раскачивается, многие вопросы решаются келейно, а вот карать неугодных епископы отлично умеют, но нередко им неугодны добрые священники, увы...
В общем-то, почти полностью и очень точно это всё показано в замечательном оскароносном фильме Spotlight (В центре внимания).
UPD. Об этом почти негде не пишут, но Франциск облегчил жизнь священникам-педофилам - теперь они могут избежать наказания, особенно если есть связи среди друзей и соратников Франциска (источник с примерами).
Думаю для Ватикана никогда не было секретом то, что делается внутри системы
По аналогии...
Почему Путин так долго старался замалчивать факты коррупции в рядах своих чиновников их ЕР? Почему нельзя было сразу осудить и пресечь это?
Наивный вопрос... Рыба-то с головы гниёт...
"Епископы молились за жертв и тех, кто это сделал" - хм, и как, помогало?