Ответ будет зависеть от того насколько вы терминологический перфекционист и педант.
В строгом смысле императором правителя инков назвать нельзя, в русскоязычной традиции его именуют Сапа Инка, Капака Инка или Единственный Инка. По сути, императорами можно называть только правителей в Западной Европе или руководителей государств, которые в дальнейшем оказалась в ореоле влияния европейской цивилизации (например ряд лидеров в Африке и Южной Америке). В то время как правителей Китая или Японии императорами именовать не совсем корректно.
Но если мы не такие принципиальные люди и для нас метафора не табу, то употребить титул императора к правителю империи инков можно. Это можно сделать дабы показать полноту власти, которой пользовался индейский монарх. Большинству людей не знаком титул Сапа Инка, но знаком титул императора и у них в голове сразу возникает готовый образ, поэтому чтобы не тратить времени на объяснение можно сразу использовать более привычный термин.
Поэтому если вы читаете лекцию школьникам или студентам или в обычном дружеском разговоре вы вполне можете использовать титул императора, но если вы делает научный доклад или статью, я бы посоветовал этого избегать.