Довольно странный вопрос, надо сказать. Что вы имеете в виду, говоря "массовое убийство"? Однократное преступление конкретного человека или систематический геноцид коренного населения? Первые, безусловно, были, и неоднократно - наиболее ими прославился аделантадо Гватемалы Педро де Альварадо. Второго, как явления, не было (хотя отдельные эксцессы бывали). Массовые убийства, подобные устроенной де Альварадо "ночи печали" в Мексике, были характерны для самого начального периода конкисты; позднее же, когда в завоеванных землях утвердились регулярные колониальные структуры (основаны вице-королевства и генерал-капитанства, построены новые города) и были изданы законы, регулирующие отношения между местным населением и испанцами (основу законодательства составили т.наз. Бургосские законы Карла V, ограничивающие произвол конкистадоров и устанавливающие равенство индейцев и испанцев), они происходили редко.
Что касается второй части вопроса о "не считалось грехом" - считалось, и еще как. Собственно, о зверствах испанцев в Новом свете при его завоевании весь мир узнал от священника Бартоломе де лас Касаса, который оставил первые исторические описания конкисты. И именно он объявил во всеуслышания зверства зверствами, убийства убийствами, грех грехом. Права (как сказали бы сейчас) индейцев он отстаивал и перед коронованными особами - и успешно: после его встреч с королем Филиппом II были изданы специальные законы, направленные на защиту коренного населения. Правда, надо сказать, он любил преувеличить зверства (количество убитых им завышалось, но это был общераспространенный прием в то время), но тем не менее упомянутые преступные акты получили адекватную богословскую оценку (если говорить о грехе) по весьма свежим следам.
В качестве дополнительных материалов рекомендую вот эту передачу с участием преподавателя НИУ-ВШЭ А. Марея, специалиста по испанскому праву Средневековья и раннего Нового времени, посвященную конкисте. В ней уделяется внимание в том числе богословской проблематике завоевательных походов испанцев.