Причина проста - картины рисуются с натурщиц и натурщиков, а это - живые люди, и у них есть пупки.
Кроме того живопись это не документальная фотография, как правило в картины и иконы добавляют некоторые вещи которые добавляют смысл, либо упрощают восприятие человеком, либо просто делают картину лучше, а ведь живот без пупка это просто не красиво.
Возможно пупки всё таки были для дальнейшего генетического моделирования потомков
Потому что история Адама и Евы вымышленная, оттуда и несогласованность с реальностью. Даже если представить, что она в действительности происходила, все текущие изображения рисовались не с натуры и являются фантазией художника, который, в свою очередь, не задумывался над тем, над чем задумались вы.
В христианстве очень много переделок, этим согласуются каждый знающи историю христианства христианин. И эти картинки и нынешняя библия ( а этим уже ни один христианин не согласится) было дело рук человеческих. И обе во многом далеки от того что дал нам бог.
А цвет кожи мог изменится со временем, ведь вы не становитесь черным сразу после того как спустились с самолета.
Это же фантазия художника. Насколько мне известно, ни в каком из святых писаний авраамических религий нет рисунков с изображением Адама и Евы. "Я художник, я так вижу".