Два основных фактора:
1) длины волн видимого спектра огромны по сравнению с размерами частиц
2) относительность расстояний
Поэтому вы можете наблюдать структуры, но не можете увидеть внутриатомную и межатомную пустоту. Мир видимый потому что таков спектр вашего восприятия, был бы он другим, вы бы его видели иначе. Некоторые животные видят в инфракрасном диапазоне, то есть они видят тепло, человек же этого лишен, но зато мы можем видеть сквозь стекла и воду.