Можно предположить, что симуляция позволяет мозгу работать в обычном режиме, из-за этого физиологические процессы протекают нормально. Если людей вводить в искусственную кому, придется тратить ресурсы на поддержание процессов, которые контролируются мозгом: дыхание, тонус сосудов, пульс и т.д. Видимо, это сложнее или затратнее, чем отправить в мозг картинку. Кроме того, в матрице можно использовать человеческие интеллектуальные ресурсы. Например, заставить людей что-нибудь придумывать или рассчитывать, и так сэкономить ещё часть энергии. Про то, как машины собрали человеческие фермы немного рассказано в мультфильме The Animatrix в эпизоде The Second Renaissance Part II.
Я тоже пришел к такому выводу, спасибо)