А с каких пор Флеш научился замедлять время? На сколько мне известно, скользкие ручонки Брайана Сингера до него не дотянулись. Сила Флеша именно в скоростном передвижении, которое позволяет ему бегать по воде, проходить сквозь стены и быстро регенерировать. Замедление времени подобных возможностей не даёт.
Таким образом выходит, что никаких проблем с синхронностью во времени у Флеша и его команды быть не может.