Могут ли фтор и наногидроксиапатит (из зубной пасты или полоскателя) встраиваться в кристаллическую решётку зуба?

Вряд ли. 

Преподаватель по неорганической химии объяснял нам, что если бы пасты в действительности содержали фтор в несвязанном виде, то мы бы уже давно остались без зубов (причём, сразу же). 

Если вопрос касается образования соединений фтора и кальция - тоже вряд ли (по той же причине).