А латинское Universum мужского.
"Вселенная" похоже на существительное, получившееся из прилагательного, которое своё существительное "потеряло": как "рабочий" (...человек) и т.п.
И, в самом деле, вот Википедия:
"В русском языке слово «Вселенная» является заимствованием из старославянского «въсєленаꙗ»[4], что является калькой древнегреческого слова «ойкумена»[5] (др.-греч. οἰκουμένη), от глагола οἰκέω «населяю, обитаю» и в первом значении имело смысл лишь обитаемой части мира".
То есть, похоже, изначально "вселенная" = "населённая, обитаемая" (...часть).
Ну, и ойкумена - тоже женский род в греческом (окончание -а)