Потому что эти территории перешли США от Мексики по окончании американо-мексиканской войны ( 1846 — 1848 ). Отсюда и испанское наименование у городов.
Все очень просто. До 1850 г. Калифорния находилась под властью Испании и Мексики.. А в Испании, как известно, есть традиция называть поселения в честь святых, т.е. на испанском Святой- San (например:San Diego-Сан-Диего-Святой Диего, San Francisco-Сан-Франци́ско-Святой Франциск)