Чешуя у рыб выполняет защитную функцию, охраняет тело рыбы от повреждений, атак других рыб и попадания различных микроорганизмов. Добавляет также упругости и эластичности, увеличивая скорость рыбы. Иногда кажется, что у некоторых рыб совсем нет чешуи, однако это не так. У линя, допустим, чешуя слишком мелкая и вросла в кожный покров при этом покрывая слоем слизи его тело (ввиду образа жизни).
А вот разницы между чешуйчатым покровом морских и пресных рыб, увы, не знаю. Думаю нет особой разницы.