Боль - такое же чувство, как и другие, воспринимаем мы его специальными рецепторами. После воздействия на эти рецепторы сигнал передается в головной мозг, который распознает локализацию и силу болевого раздражителя, и отдает указания телу, чтобы избавится от раздражителя. Подробнее про это можно прочитать тут.
Боль может вызываться как непосредственным воздействием на болевой рецептор, так и на проводящие пути, а также возникающим при травме воспалением окружающих тканей. Механизм действия нестероидных противовоспалительных средств как раз основан на снятии последнего механизма боли. Особенности восприятия боли зависит как от индивидуальных особенностей человека, так и от точки приложения раздражения - рецептора или проводящих путей.