Я вижу в вашем вопросе нарушение логики. Те болезни, которые неизлечимы и получили название хронических. Те, которые излечимы, хроническими не называют.
Теперь насчет - почему. Есть нарушения органов или их функций, которые мы в настоящее время восстанавливать не умеем. Простой пример - ампутация конечности. Восстановить удаленную часть руки или ноги мы пока не можем. (Вполне возможно, что когда-нибудь научимся путем применения технологии стволовых клеток или чего-то подобного). Вот пример хронического состояния.
Если внутренние органы спрятаны от наших глаз, то все равно в них могут быть такие нарушения, которые уже не восстановимы при современном уровне медицины. Причем многие патологические процессы являются самоподдерживающимися. Формируется т.н. порочный круг.
Еще вариант: хронический гепатит В. ДНК вируса гепатита В способна встраиваться в геном человека. Как только это происходит, наши клетки начинают воспроизводить и ДНК и белки вируса. То есть организм, синтезируя белки, необходимые для себя, начинает воспроизводить и ненужные для себя вирусные белки. И нет механизмов, позволяющих на 100% "выковырять" эту ДНК из человеческих клеток.
В общем, механизмов может быть много, но всегда в основе хронического заболевания лежит какая-то необратимость того, что повреждено или произошло.