Может. У разных видов рыб наполняемость плавательного пузыря происходит по разному. У одних он связан с кишечником и таким образом наполняется или спускается, другие регулируют его наполняемость через кровеносную систему. У рыб семейства Карповых плавательный пузырь связан с кишечником и при резком повышении атмосферного давления они не успевают наполнить пузырь воздухом, в следствии чего приобретают отрицательную плавучесть.
Помимо этого есть виды рыб, дыхательная система которых основана на легочных мешках и без доступа к атмосферному воздуху они просто задыхаются.
Печальная история: у меня так в детстве лабиринтовая рыбка умерла, застряла и вот, захлебнулась, кто бы мог подумать.