В книге про Дарта Плэгаса (которая так и называется), сам Плэгас предположил, что Сила создала Энакина ему в отместку, за то что он пытался подчинить Силу своей воле. Но это Расширенная Вселенная, неканоничная.
Про предположение Квай-гона уже сказали. Но! Слова Шми Скайвокер: «У него не было отца, я сама его выносила и вырастила», – можно трактовать "трояко": а) сама не понимает откуда ребёнок у неё в утробе взялся; б) знает откуда, но не решается сказать (смотрим выражение её лица); в) биологический отец был каким-нибудь алкашом, зачал и сбежал или просто изнасиловали, поэтому и говорит, что отца у него не было, (потому что) она сама его выносила и вырастила.
Каноничного ответа на этот вопрос не существует.
В скрытой угрозе(I эпизод) предполагалось, что Энакин был зачат мидихлорианами, то есть силой. Можно провести параллель с непорочным зачатием Иисуса Христа.