Что произойдёт с Россией если вдруг в один миг исчезнут первые 1000 человек в государстве - президент, министры, депутаты, губернаторы, руководители ведомств?

N1001 станет первым, N1002 - вторым и т.д. Замы займут место министров, региональные заксобрания назначат и.о. губернаторов... Объявят новые выборы, через полгода "вертикаль" восстановится. В силовых структурах, где при гибели старшего по званию командование принимает следующий по рангу офицер, проблемы вообще будут минимальные.

Если точнее, то ситуация будет - в соответствии с Конституцией - развиваться так:

1. Депутаты региональных парламентов (их слишком много, чтобы они все исчезли) выберут новых председателей (взамен исчезнувших), а также назначат и.о. губернаторов.
2. Вместе заксобрания и и.о. губернаторов сформируют новый Совет Федерации: там как раз должны заседать представители исполнительной и законодательной властей регионов.
3. Председатель Совета Федерации станет, в соответствии с Конституцией, и.о. Президента.
4. И.о. Президента назначит и.о. премьера, а также объявит выборы в Думу, президентские и губернаторские выборы, а также довыборы в региональные заксобрания.
5. После того, как все выборы пройдут, будут назначены премьер и правительство.

Всё, восстановление завершено.

То есть ключевую роль в процессе сыграют партии, доминирующие в региональных заксобраниях, прежде всего - ЕР.