Если нет специальных пожеланий (мне вот, например, всё равно, что будет с моей тушкой), то согласно традициям страны захоронения. И атеиста это не может оскорбить -- согласно его возрениям, после смерти ему будет всё равно :)
Я бы хотел, чтобы моё тело пошло на пользу: на органы, например или в медвуз, чтобы на нём попрактиковались студенты. Было бы ещё очень круто, если бы какой-нибудь театр согласился взять мой череп в качестве реквизита.
Всё, что останется после этого, или если никому не пригодится — закопать, сжечь, выбросить на свалку, отдать птицам, как в Тибете. Мне абсолютно всё равно.