В целом, по атмосфере и возможностям, МФТИ заметно выигрывает. Множество лабораторий и научных центров, которые сейчас активно развиваются. Очень хороший преподавательский состав, cтуденты сильнее, поскольку поступить сложнее.
Тем не менее, стоит учитывать, что есть некоторые направления науки, в которых МИФИ традиционно сильнее, поскольку они являются его профилем. Это плазменные и ядерные технологии, физика высоких энергий и лазеров, атомная энергетика. Это значит, что если Вы понимаете, что Вас интересует атомная/ядерная отрасль и Вы хотите там работать, то скорее всего Вам ближе МИФИ.
Также стоит учитывать, что в МФТИ выше моральный прессинг. Учиться здесь приходится больше, и у такого подхода есть как положительные, так и отрицательные стороны. Поэтому, в некоторых случаях, учеба в МИФИ, или в том же МГУ, дает более «прямой» вход в науку.
По силе научных групп я бы сказал, что сейчас МФТИ заметно получше будет. А вот где с образовательной точки зрения лучше и эффективнее учиться, я не знаю.