Все мы знаем, что во всех продуктах(особенно из США) есть закладки(heartbleed, trueCrypt,...), не исключено, что черные входы есть и в процессах, не говоря уже о ОС(Линукс, потому что про винду говорить тут нечего). Поэтому Россия создает собственную линейку железо-ПО. Процессов - Эльбрус, ОС - ReactOS. Для военных это самое то. Безопасность нынче дорого обходится.
Ответ на вопрос: собственное производство, малые масштабы, очень критическая область в ИТ - всё это и много-много других факторов накладывают огромную цену за простой процессор.
Можете поинтересоваться процессором у Curiosity(wikipedia.org), который 200МГц и стоит 200тыс долларов.
Во-первых тактовая частота - не главная характеристика
Во-вторых, у Эльбруса совершенно нетривиальная архитектура, что в рамках российской действительности и влияет на ценообразование.