Если вы с этим человеком периодически беседуете и уверены, что в ближайшем будущем будете переписываться снова, на какое-то отдельное сообщение, не требующее вашего ответа, можно и не отвечать.
Если это был единичный случай переписки, например, вы узнавали какую-то информацию, выразите благодарность, например, коротким : "Понял. Спасибо".
Если же контакт налажен, но беседа складывается неровно, чтобы показать, что вы заинтересованы в человеке и желаете продолжать с ним общение, лучше отвечать нечто поддерживающее в духе : "Вот-вот" или "Да уж" даже на сообщения с утверждением. Тогда создастся впечатление, что вы хотите разговаривать с человеком, даже если не знаете пока о чём.
А вот смайлики в ответах на подобные сообщения лучше использовать осторожно. Одно дело, если у вас входит в традицию присылать смайлик другу, как подтверждение того, что вы прочитали и поняли его сообщение. Другое, если смайл ваш выглядит как "отписка", нежелание вдаваться в суть и отвечать более полно. В таких случаях меня присланный значок без слов очень раздражает.
Все зависит от сути самого сообщения. Можно проигнорировать, тем самым сводить неудавшийся диалог на нет, но лучше всего оказать хоть какое-то внимание.
Например:
(Вы не слушаете)
Это, конечно, не запрещено. Но многих раздражает. Такое поведение может восприниматься собеседником как игнорирование и "неважность" для вас как его сообщения, так и его самого. Так что, если человек, пославший сообщение, хоть чуть-чуть вам приятен, имеет смысл ответить, пусть даже совсем коротко, "спасибо", там, или "угу".