Если говорить о книгах независимых издательств, то например магазины Порядок слов, Все свободны, Фаренгейт 451, Хувентуд.
Если же в приоритете старая книга или советские издания по бюджетным ценам, то существует уйма букинистических лавок и магазинов, вот несколько: Библиофил (Лиговский пр., 120), Искатель (наб. р. Мойки, 51) , Старая книга (Гороховая, 39) Букинистический на Литейном (Литейный пр., 61, во арке по пути во второй двор). В таких букинстах можно купить Фолкнера, Апдайка, Голсуорси по совсем низким ценам, в пределах 100 руб. Не говоря уже о советских авторах. Встречаются также интересные издания 90-х годов и куча специализированной литературы.
На Старой деревне есть хороший букинистический - Книжная лавка, ассортимент которой очень широкий, от книг по архитектуре до религиозной литературы. Художественных книг очень много, а цены низкие, например, карманные книжечки от издательства Азбука - 50-70 рублей.
Точный адрес: Торфяная дорога 2/5, от входа в метро прямо до одноэтажного стеклянного ангара с красной крышей.
Вообще если есть карта "Буквоеда", то там бывают отличные акции, и часто есть стенды с распродажами. А чтобы совсем дешево, наверное, на блошиных рынках и на уличных стендах, только не в центре))
Крупская! Но если уж неохота ходить по сомнительным в своей чистоте и привлекательности местам, Буквоед - действительно вариант. Вот только не стоит покупать прямо в магазине, там можно полистать да полапать, а заказывать - через интернет. Придется подождать около недели, зато цены в интернет-версии Буквоеда порой в два раза ниже.