Накипь получается, потому что при нагревании из растворимого Ca(HCO3)2 выходит углекислота и получается нерастворимый CaCO3. Фильтры, в которых есть ионобменные смолы могут частично забирать Ca2+ из воды, но при большей жесткости в воде может оставаться и достаточно его.
А в случае микроволновки нагревание просто идет не от горячей стенки, а во всем объеме. И поэтому нет просто образования единого куска из накипи.