Вообще говоря, у атома нет чёткой границы, и электрон не является шариком, летающим вокруг ядра, а "размазан" в пространстве, создавая электронное облако. То есть в атоме нет пустоты внутри.
Радиусом атома считают расстояние от ядра, внутри которого вероятность найти электрон составляет ~90%, размер ядра определяется примерно таким же образом.
Так как сильное взаимодействие, связывающее протоны и нейтроны в ядре, в тысячи раз мощнее электромагнитного, отвечающего за связь электрона с ядром - то и размер ядра в тысячи раз меньше, чем размер внешней электронной оболочки