Заземление.
Вода отличный проводник, и весь заряд в итоге проходит ко дну, в почву.
Грубо говоря, молния бьет не в воду, а в землю, просто на этой земле бывает вода.
Ну и часть воды наверняка испаряется от нагрева, а другая часть наверняка проходит процесс электролиза, когда под воздействием электрического тока вода разделяется на водород и кислород. Количества совсем небольшие.
В принципе, в общих чертах так.
Интересно на каком максимальном удалении нужно находиться, чтобы тебя трахнуло током, пока ты находишься в воде