В 2015 был уже дан корректный ответ, что пришло это из арабского через испанский: в арабском использовалось слово "шай" ( شيء ), означавшее "нечто", "вещь", "предмет", которое заменялось в трактатах арабской буквой "шин" ( ش ). В мозарабских/испанских трактатах оно транслитерировалось как "xei" и, по аналогии с арабскими трактатами, стало обозначаться буквой x.
В конце XX века произошло апокрифическое народное переосмысление нотации через мнемонические eXperiment, eXample, aXis (для обозначения оси абсцисс) и т.д. и т.п. и пр. Но первичное происхождение — из арабских трактатов через испанских переписчиков.
Ну должен же я был что-то добавить к совершенному ответу грамотного автора? Вот, немного добавил "апокрифистики".