Отличается возбудителем инфекции: вирусная вызывается вирусом, а бактериальная - бактерией :) Вирусы и бактерии это разные микроорганизмы, принадлежащие разным доменам (домен это выше царства по классификации). Вирусная инфекция это, например, корь, грипп, гепатит; бактериальная инфекция это пневмония, туберкулёз, коклюш, сальмонеллез. Соответственно, лечение от этих инфекций тоже разное! Бактериальная инфекция лечится антибиотиками, а вирусная - противовирусной.