У российского самолетостроения есть некоторые специфические проблемы (недостаток надежных и экономичных двигателей; кризис 90-х, когда практически не было возможности создавать и запускать в производство новые модели), но в целом сложности российского самолетостроения мало отличаются от сложностей самолетостроения в любой другой стране. Прежде всего они заключаются в том, что авиационная отрасль очень сложная, в ней высокие фиксированные издержки, а значит, необходимо планировать надолго вперед и быть уверенным в том, что продашь много самолетов (иначе издержки на разработку модели не покроются). В такой ситуации самолетостроение (особенно если речь идет о больших авиалайнерах, а не региональных самолетах) жизнеспособно только в больших и сильных экономиках: Boeing в США и Airbus в Евросоюзе (вопрос о государственной поддержки я вынесу за скобки). Ни в одной другой стране большие дальнемагистральные самолеты не производятся, в лучшем случае речь идет о региональных лайнерах (Embraer, Bombardier, Mitsubishi и т.д.). Конечно, российская экономическая нестабильность добавляет проблем, но и в более стабильных странах производить самолеты сложно.
Эту тему более подробно мы обсуждали в ответах и комментариях к другому вашему вопросу (thequestion.ru).
Если же говорить о главном отличии России от других стран, у которых нет развитого самолетостроения (а это в том числе такие развитые страны, как Япония, Австралия или Италия), то оно заключается в том, что в советское время в стране производили много самолетов, и казалось, что самолетостроение процветает, а сейчас отрасль находится в упадке. Но ничего удивительного в этом нет: как обсуждалось ранее (thequestion.ru), в СССР авиапроизводители были защищены от конкуренции, поэтому у них не было стимула производить экономичные самолеты. Как только такая защита исчезла, конкурировать с более экономичными и надежными иномарками стало крайне сложно. Но, повторюсь, эта ситуация не уникальна, на Airbus и Boeing летает весь мир, а не только Россия.
Полагаю, с теми же, с которыми сталкиваются большинство отраслей промышленности в РФ - нехватка грамотных технических кадров, технологическая отсталость, коррупция, отсутствие глубокой заинтересованности со стороны государства и авиакомпаний в разработке и производстве российских аналогов Эйрбасов и Боингов.