Может, Яндекс просто решил, что TheQuestion – это конкурент, и таким образом уничтожил этот ресурс?

В том числе и такое бывает.

Более крупные компании перекупают  более мелкие, переманивают ключевых сотрудников, а оставшихся сотрудиков  душат и выживают, чтобы на месте развалившейся конторы открыть филиал  головной организации.

В нашем городе, например, именно таким образом в этом году был истреблен один из местных провайдеров, которых выкупил более крупный конкурент из соседнего города.