Пока человек находится внутри вагона, его скорость и скорость окружающего воздуха одинаковы и равны скорости самого вагона. В таких условиях в прыжке на человека никаких значимых сил, кроме притяжения Земли, не действует.
Если же человек находится, скажем, на крыше вагона, то на него действует сила сопротивления воздуха. Пока человек стоит, она скомпенсирована силой трения между обувью и крышей. Но стоит подпрыгнуть, как сила сопротивления воздуха начнет уменьшать скорость человека относительно вагона поезда и вагон начнет обгонять человека.
Ага.. А если сделать такие условия на крыше, где не будет никакого ветра. И что, на месте остается?!