У РФ мотива быть не могло. Амнистию Скрипалю подписал президент. После этого любой подобный приказ любого должностного лица - прямое неподчинение Верховному главнокомандующему. Если хотите - дискредитация власти.
У ГРУ тоже нет мотива: обмен провалившимися разведчиками - давний механизм взаимодействия спецслужб разных стран. Разрушение его ударит по моральному состоянию собственных агентов. Ни одна спецслужба в мире на это не пойдет.
Мотив мог быть у конкретных людей. Например месть за выданного Скрипалем товарища. Но вряд ли у сотрудников ГРУ так плохо с дисциплиной, что они способны организовать убийство из мести, наносящее урон Родине.