Почему исчезновение наглядности в физическом исследовании порождает не только научно-теоретические, но и философские проблемы? Как эта проблема решается методологически?

Представьте — Вы планируете эксперимент по проверке некой гипотезы в области королевы парадоксов квантовой физики — квантовой запутанности. Вы предлагаете теоретикам рассчитать ожидаемый результат эксперимента в рамках квантовой механики, а сами со своей группой погружаетесь в рутину эксперимента. И вот эксперимент выполнен и с высокой точностью совпал с расчётами теоретиков. Удивлены и теоретики, удивлены и вы ибо результат никаким образом не может быть объяснён в рамках здравого смысла.

Если квантoвo запутанные объекты разделены, то теоретически их квантовые состояния должны оставаться связанными до тех пор, пока одно из состояний не будет измерено (или нарушено). Это измерение/нарушение мгновенно определяет состояние другого объекта, независимо от того, как далеко они разделены. Здесь слово мгновенно — ключевое. Идея настолько нелогична, что Эйнштейн высмеял её как “жуткое" действие на расстоянии. Но недавно (2017) китайцы сообщили, что проверили  "эту жуть" на расстоянии 1200 км, с использованием спутника и с большой статистикой.

Вот физики и решают эту проблему методологически, кто во что горазд. Кто-то применяет принцип — "заткнись и считай", кто-то идет за бутылкой, ну а те физики, от которых ушли жёны — становятся философами.