Это в какие исторические периоды? Независимая Эстония существует не так давно, ее территория была в разное время в руках ливонских рыцарей, шведов, поляков, датчан, русских. После ПМВ независимая Эстония была в плохих отношениях с СССР, советы даже содействовали эстонским коммунистам в восстании. После заключения пакта Молотова-Риббентропа, как мы знаем, СССР де-факто аннексировал Эстонию, и снова независимость она обретет только во время распада СССР. Сейчас отношения России и Эстонии довольно напряжные, Россия обвиняет Эстонию в дискриминации этнических русских (инцидент с памятником Воину-Освободителю).