Проблема не в наличии или отсутствии рациональных причин, а в самой постановке вопроса, а именно том, что мы считаем странным и почему.
Маршрут гортанного нерва странен может быть только для тех, кто придерживается теории о том, что все животные были сконструированы неким посторонним разработчиком, и из этого следует, что всё их внутреннее устройство должно быть рациональным.
А если отвечать по форме вопроса, то да, есть. Чтобы гортанный нерв вырос по прямому "не странному" пути, он, грубо говоря, должен исчезнуть там, где он есть сейчас, и заново появиться в другом месте. Что либо невозможно генетически, т.е. невозможна такая мутация, при которой гортанный нерв появляется или исчезает, либо бессмысленно эволюционно, т.е. даже если и бывает такая мутация, отсутствие гортанного нерва будет несовместимо с жизнью, и потомство не передаст эту мутацию следующим поколениям.
То есть нет никакого промежуточного звена между реальным жирафом со "странным" гортанным нервом и гипотетическим жирафом с "рациональным" нервом.