Если флора - растительный мир, фауна - животный, почему совокупность обитающих где-либо бактерии зовётся микрофлорой? Разве не логичнее называть микрофауной?

Исторически так сложилось, хотя это и действительно некорректно. Поэтому сейчас от этого термина постепенно отказываются, в современных научных статьях чаще используется термин "микробиота" (потому что прокариоты это и не флора и не фауна). Но этот термин не известен большинству населения, поэтому в рекламе кефира по телевизору говорят "микрофлора".