Начнем с того, что форматирование само по себе не спасает от восстановления информации. Существует немало программ, которые умеют даже это.
Ну, а что касается исполняемого файла, то ДЛЯ ТОГО, ЧТОБЫ ОН ИСПОЛНЯЛСЯ, он считывается в оперативную память. Поэтому его удаление с носителя никак не должно повлиять на процесс.
Ради интереса можно попробовать перенести образ системы на флэшку и загрузиться с нее. Не забыв при этом для надежности вынуть/отключить жесткий диск. Ставлю Икею против ларька Союзпечати, что флэшка форматнется полностью.