НДС возмещается не только при экспорте, но и вообще всякий раз, когда суммарный НДС, предъявленный поставщиками предприятию-налогоплательщику, превышает суммарный НДС, предъявленный предприятием-налогоплательщиком своим клиентам. Такая ситуация возможна в двух гипотезах:
предприятие произвело большие приобретения, облагаемые НДС, например, инвестиции;
предприятие, производит продукцию облагаемую по более низкой ставке, чем та, которая применяется к приобретениям, совершенным налогоплательщиком. Это случай в частности экспортных операций, ведь экспортные операции либо облагаются по нулевой ставке НДС (ситуация России), либо освобождены от НДС, но при этом дают право на налоговый вычет суммы НДС, предъявленной поставщиками (ситуация ЕС, где НДС гармонизирован). На самом деле, обе ситуации абсолютно эквивалентны.
Почему экспортные операции необлагаются НДС? Потому что НДС сконструирован как налог на потребление, соответственно он должен уплачиваться по месту потребления, то есть в государстве-импортёре. Такая конструкция очень удобна и в целом общепризнана, поэтому такой важный налог как НДС и не является обычным предметом международных соглашений в сфере налогообложения.
И ещё вопрос почему государство вообще должно возмещать НДС? Здесь такая ситуация: представим, что мы руководствуясь формулой рассчета некоторого налога, пришли к тому, что сумма налога к уплате в бюджет оказалась отрицательной - гипотеза, легко обощаемая на любой налог и применимая к НДС. Здесь у законодателя есть выбор:
игнорировать такую ситуацию;
перенести такую сумму налога на будущие налоговые периоды по тому же налогу;
перенести на прошлый налоговый период по тому же налогу, если он был (сумма идет в уменьшение уже уплаченного налога);
компенсировать с другими налогами;
возместить без возложения на какой бы то ни было налог.
На выбор законодателя повлияло несколько соображений: во-первых, НДС - это объективный налог, налог на реальные операции, его база определяется фактически для каждой конкретной операции отдельно, во-вторых, суммы налога (как в случае инвестиций) могут быть колосальны. Отказывать в возмещении налогоплательщику в такой ситуации - это наказывать налогоплательщика, подрывать его конкурентоспособность, влиять на принимаемые налогоплательщиком решения, причем они врядли от такого вмешательства станут лучше.