Агент Смит это баг матрицы. Но можно объяснить это логически. Если человек был подключен к матрице, то агент мог спокойно в него переселяться, помним 1 часть фильма. Но человек не становился агентом навсегда, а только до смерти. Смит поймал баг от Нео и научился множиться быстрее кролика. Он вселился в человека, который был отключен от матрицы, но в реальном мире агентов нет, они всего лишь программа, которая и заменила душу злосчастного чувака, оставив тело.