Нет, не будут.
Если вы имеете в виду гипертрофию мышц, то просто бегать для этого не достаточно. Посмотрите на профессиональных бегунов - они все как под копирку: жилистые и худенькие.
Мышцы растут только тогда, когда часто и много нужны усилия больше обычных. Потому что организму невыгодно поддерживать большую мышечную массу просто так: это очень, очень энергозатратно. Организм старается приспособиться, не увеличивая мышцы, а адаптируясь: улучшает проводимость нервных окончаний, эффективнее напрягает волокна и т.д.
Чтобы что-то выросло, нужно 3 компонента: сверхнагрузки, гормоны, питание.
Девушки часто боятся, что если начнут заниматься спортом (или вот бегом например), они станут мужеподобными. Это пустой страх, нас ограничивает физиология: превалирование эстрогенов и малое количество тестостерона. Мышцы увеличатся, конечно, но ненамного. Руки-базуки не вырастут, как ни старайся. Потому что нет компонента N^2 - гормонов.
Исключения - девушки с изначально высоким уровнем тестостерона, а также бодибилдерши - они почти поголовно курсят.
И не забываем про пункты 1 и 3 - сверхнагрузки и питание. Как только привыкнете к нагрузке - сразу придется ее увеличивать, иначе роста не будет. А с бегом это нереально: свой вес увеличить нельзя без плохих последствий для суставов.