Конкретно, когда к Дарвину приписали генетику возникла новая теория - синтетическая.
Поскольку открытия последних лет 50-ти обнаружили горизонтальный перенос, обмен плазмидами у бактерий (который по факту является прижизненным изменением наследственных признаков организма, что по Дарвину не бывает) и кучу всего такого веселого, признавать теорию эволюции Дарвина без оговорок стало уже нельзя.
Так объявилась синтетическая теория эволюции, включающая в себя оговорки, объясняющая механизмы мутаций и прочее веселье современной биологии.
Тем не менее ни идеи Дарвина об изменении видов, ни идеи о причинах подобных изменений никто не отрицает и соглашаются, что в целом все работает именно так, а в частностях совсем по-другому.