Всегда ли люди знали, что мы думаем с помощью головы/мозга? Ведь раньше считали, например, что мы испытываем эмоции с помощью сердца

Нет, не всегда.

Аристотель, например, полагал, что мозг - это такая железа для охлаждения крови, если вдруг она перегреется, а Гиппократ - что мозг нужен для удаления из организма лишней влаги.