Если фбр будут проводить задержание, находясь в гражданском, и кто-то им помешает, напав на них, желая защитить, предположительно прохожего, применят ли фбр к ним оружие или это превышение полномочий?

Будут обязательно. Один раз примерно похожая ситуация происходила Инцидент в Руби-Ридж, интересно что друг человека, которого хотели задержать застрелил сотрудника правоохранительных органов и его оправдали - действия признали самозащитой.