Каков реальный процент заимствованных слов в русском языке? Считая, например, с 4 века (и для др-рус., как с готским хливс) или хотя бы с 9.

Тут тяжело дать однозначный ответ, ибо само по себе количество слов в языке - величина, сильно зависящая от того, что считать отдельными словами. В качестве оценки можно например взять объем "Современного словаря иностранных слов" 1992 года - ~20000 и "Большого толкового словаря русского языка" 1998 года - ~130000. Получаем порядка 15% очевидных заимствований.