Надо ли устанавливать запрет на индексацию яндексом страницы благодарности, которая открывается после отправки заявки в форме (сделана чисто чтобы видеть конверсии на сайте)?

Да, нужно закрывать. Потому что если эта страница попадет в индекс поисковых систем, на нее могут быть посещения. Следовательно, у вас в аналитике будут отображаться конверсии, которых не было.

Вообще желательно скрывать те страницы, которые вам не нужны для индексации, иначе правильно говорит Alexey Sumin, будут лишние посещения, который вас будут вводить в заблуждение в аналитике.