Самый распространённый источник углерода для анаэробных бактерий это углекислый газ, органические останки других бактерий, растений, животных, химические соейдинения углерода с другими химическими элементами. В биологии разделяют источники углерода на органические и химические, и для анаэробных бактерий разделяют на три группы: на автотрофы и гетеротрофы, а так же с универсальными свойствами получения углерода - миксотрфы. Причём такое разделение по источнику углерода применяют не только для бактерий, но и для всех живых организмов и растений. Наиболее распространеннная группа анаэробных одноклеточных бактерий - прокариоты, они не обладают клеточным ядром, и могут использовать углерод заместо кислорода, для переноса электрона при нитритном дыхании. Однако в последнее время найдены анаэробные бактерии эукариоты, с наличием клеточного ядра, так же с нитритным дыханием, получающие углерод из тех же источников.