Основное отличие - Fruity Loops, в отличие от Cubase, не ориентирован на запись и сведение музыки. Т.е. записывать и сводить во Fruity Loops можно, но это очень неудобно.
Fruity Loops создан именно для работы с VST-инструментами на MIDI-дорожках.
Я бы сказал, что основное различие — это интерфейс и отличие (отсутсвие) некоторых инструментов, хотя FL последний открывал седьмой. Есть знакомый, который пишет в "фруктах" пост-рок. А так могу посоветовать попробовать Reaper или Bitwig Studio.