Если заочно арестованный в РФ человек полетит над Россией, например, в Китай, и самолёт экстренно сядет в российском аэропорту, то человека арестуют?

Запросто. Главное точно знать, что данный гражданин находится на борту самолета, а потом грамотно организовать экстренную посадку на территории России. При желании могут просто принудить самолет к посадке.