Вопрос о влиянии кофеина на обмен кальция поставлен давно.
В своем время этим занималось даже EFSA (European Food Safety Authority)- Европейское агенство по безопасности пищевых продуктов. Еще в 1999 году установлена безопасная суточная доза этого вещества, которая составила 300мг/сут.
Этой же организацией проведены анализы влияния кофеина при нарушении кальциевого обмена, на частоту переломов костной ткани, но значимых результатов никто не получил. Сейчас можно сказать, что явного отрицательного эффекта при употреблении кофе вы не получите. Кружка кофе ( содержит около 100 мг/мл кофеина ) не оказывает влияния ни на систолическое и дистолическое давление, ни на обмен кальция.
Скажем, что кофеин повышает кислотность желудка( восстановление чего требует кальция), снижает реабсорбцию ионов в почках, но эффект этот как и от многих других веществ.
Здесь можно подробнее прочитать о проводимых исследованиях
Здесь, в официальной базе данных, изучить фармакодинамику и фармакокинетику кофеина.
https://www.rlsnet.ru/mnn_index_id_789.htm
Разумные дозы большинства вещей, угрозы в себе не несут.